En el año 1.847, el Plan de Estudios de Don Nicómedes Pastor Díaz separó los estudios de los Institutos de la Facultad de Filosofía, pero haciéndoles depender administrativamente de la Secretaría de la Universidad y privándoles del derecho a conferir el grado de Bachiller. Sin embargo, poco después les fue devuelto este derecho, aunque formando parte de los tribunales un catedrático de la Facultad de Filosofía, delegado del Rector. A partir de entonces el Instituto del Noviciado, hoy del Cardenal Cisneros, será dirigido por un Jefe propio con el nombre de Director, siendo el primero que ejerce este cargo Don Francisco Tramarría, catedrático de Francés.

La ley Moyano

      En el año 1857 se publica la Ley Moyano que independiza la administración de los Institutos de la Universidad y otorga a los Directores de éstos la facultad de visitar e inspeccionar a los colegios privados, que a partir de entonces pasan a depender directamente de los Institutos y no de la Universidad como antes.

El influjo de la revolución de 1.868

      El año 1.868 fue un año especial porque se interrumpieron las clases a los pocos días de haberse iniciado el curso como consecuencia del estallido revolucionario que en palabras del director "derrumbó instituciones seculares y conmovió los más hondos cimientos del edificio social en España". Al mes  y pocos días de haberse interrumpido las clases, se reanudó la actividad académica; y como se dictaminó que en el Instituto del Noviciado se impartiese el nuevo Plan de Estudios junto con el antiguo, el Claustro tuvo que designar el profesorado necesario para impartir las clases que entonces  se crearon. Para hacer frente a la situación los catedráticos del Instituto y algunos de la Universidad se hicieron cargo de clases extraordinarias. Y entre los profesores que ese curso se prestaron a impartir clases gratuitamente cabe destacar a Don Nicolás Salmerón y Alonso, catedrático de la Facultad de Filosofía y Letras, que se encargó de la clase de Biología y Etica, y a Don  Francisco Giner de los Ríos, catedrático de la Facultad de Derecho, que se hizo cargo de los Principios generales del Arte y su histora en España.
      El Director destaca en la memoria del curso, como un heho relevante, el establecimiento de la libertad de enseñanza, que consistía, por parte del alumno, en dejarle completamente a su iniciativa el asistir o no a las clases y permitirle matricularse de cualquier asignatura, hasta el punto de poder simultanear los estudios del Instituto y los de la Facultad, y por parte del profesor, en no seguir más norma en sus explicaciones que su propio criterio, sin necesidad de ceñirse a ningún programa. Otra novedad importante que resalta la memoria de ese  "instruir a la clase obrera" se impartieron clases por la noche, promovidas por una asociación de jóvenes de "singular formación  y filantrópicas aspiraciones".

El instituto cambia de nombre y se aprueba la construcción del edificio.

      En el año 1.877, por Real Orden de 21 de Junio se da al Instituto del Noviciado el nombre de Instituto del Cardenal Cisneros para, según se señala en dicha orden, "dar al establecimiento un nombre más en armonía con la ciencia y las gloriosas tradiciones del mismo, y honrar la memoria del ilustre fundador en Alcalá de Henares de los estudios de Humanidades y Filosofía que dieron origen a dicho Instituto".

      También en ese año el Excmo. Sr. Conde de Toreno, Ministro de Fomento y antiguo alumno del instituto, aprueba los planos y da las órdenes para construir el magnífico edificio que desde entonces ocupa dicho Instituto en la calle de los Reyes.

Profesores y alumnos ilustres

      Son muchos los profesores y alumnos del Instituto que han llegado a ser personalidades ilustres. Así, entre los profesores destacan Don Manuel María José de Galdo y Pérez, Doctor en Ciencias, Medicina y Derecho, que llegó a ser Director del Instituto, Alcalde de Madrid y Senador del Reino; Don Francisco Commelerán y Gómez, catedrático de Latín y Castellano, Director del Instituto, Académico de la Real Academia de la Lengua y Senador del Reino; Don Ignacio Suárez Somontes, Catedrático de Matemáticas, Director del Instituto, Diputado a Cortes y Director General de Enseñanza Primaria;  Don José María Igual Merino, Catedrático de Geografía e Historia, Director del Instituto, Académico de la Real Academia de la Historia; Don Antonio López Muñoz, Catedrático de Psicología y Ministro de Instrucción Pública y Estado; Don Florencio Bustinza, Catedrático de Agricultura, Don Vicente García de Diego, Catedrático de Latín, Don  Francisco Rodríguez Adrados, Catedrático de Griego.

      Y entre los alumnos eminentes se encuentran personalidades que han destacado en la política como Don Alvaro de Figueroa y Torres, Conde de Romanones, El Conde de Toreno, Ministro de Fomento; Don Eduardo Dato,

Presidente del Consejo de Ministros; Don José Antonio Primo de Rivera; Don Enrique Tierno Galván, Alcalde de Madrid; Don Manuel Gutiérrez Mellado, General del Ejército y Ministro; Don Jaime de Piníes, Ministro y Embajador; Don Joaquín Ruiz Jiménez, Ministro de Educación. Otros han destacado en diferentes campos de la cultura como Don Antonio y Manuel Machado, Don Jacinto Benavente, Don Ramón Gómez de la Serna, Don Ramón Menéndez 
Pidal,Don Salvador de Madariaga, Don Enrique Jardiel Poncela, Don Rafael Lapesa, Don Julian Marías, Don Camilo José Cela, Don Alfonso Sastre, Don Jose Luis Garci, Don Fernando Fernán Gómez, , Don Fernando Guillén, Don Jesús Puente, Don José Luis López Vázquez.

      La lista completa de personalidades ilustres del Instituto sería demasiado larga para incluirla aquí, pero los nombres relacionados son suficientes para comprender que el Instituto siempre ha tenido una proyección importante fuera de los muros del edificio. Y, por otra parte, el Centro escolar siempre ha sido como una caja de resonancia en la que han repercutido de forma notoria todas las conmociones políticas que se han producido a lo largo de su historia. Así, ya hemos visto que en el curso 1868-69 el Instituto se convirtió en un hervidero impulsado por el espíritu  revolucionario, y que contó con la participación altruista de Don Francisco Giner de los Ríos, fundador de la Institución Libre de Enseñanza, y la de Don Nicolás Salmerón, 3er presidente de la primera República. El 9 de Mayo de 1.869, los catedráticos Don Manuel Ortí y Lara y Don Manuel Romeu y Aznares y el profesor auxiliar Don Camilo Muñiz Vega cesaron por no haberse prestado a jurar la nueva Constitución. Y durante la guerra civil el Instituto permaneció cerrado y cuando se abrió de nuevo a la actividad docente hubo algunas depuraciones como la del profesor de Dibujo Don José Ordoñez Valdés, quien posteriormente fue rehabilitado después de pintar un cuadro de Franco que todavía se conserva en el Instituto. Este cuadro presenta una muestra de la rebeldía del profesor, ya que pintó al revés las flechas del emblema que el general lucía en su guerrera.

Las mujeres en el Instituto.

      En el siglo XIX se consideraba normal que las mujeres se dedicaran exclusivamente a las labores "propias de su sexo", pero sabemos que algunas lograron seguir con éxito los estudios de Enseñanza Secundaria en el Instituto Cardenal Cisneros. Este es el caso de Doña María Goyri Goyri, esposa de Don Ramón Menéndez Pidal, que obtuvo el título de  Bachiller en el año 1.899. Durante los primeros años del siglo veinte, hasta la guerra civil, el numero de alumnas fue aumentando progresivamente, pero después de la guerra se dispuso que los chicos y las chicas siguieran sus estudios separados y a nuestro instituto le correspondió ser masculino. Pero en el año 1. 982 se reinstauró la coeducación en España y en el curso 1.983-84 empezaron a llegar al instituto las primeras alumnas. Actualmente, hay más alumnas que alumnos y la mayor parte de los profesores son mujeres.

Celebración del 150 aniversario de la creación del Instituto

      En la primavera del año 1.995 tuvo lugar la celebración del 150 aniversario de la creación del Instituto. Con ese motivo se organizaron exposiciones, conferencias, mesas redondas, conciertos, representaciones teatrales, competiciones deportivas... El acto inaugural tuvo lugar el día 21 de abril con la realización de una sesión solemne presidida por S.S. M.M. los Reyes Don Juan Carlos y Doña Sofía. La celebración tuvo una relevancia especial y atrajo la atención de toda la comunidad educativa madrileña y el apoyo de las administraciones central y autonómica porque no se trataba simplemente de conmemorar la creación de los Institutos Cardenal Cisneros y San Isidro, sino la creación de la Segunda Enseñanza en España que surgió con ellos y otros pocos repartidos en diferentes capitales de provincias.

Placa de Alfonso X El Sabio.